Berdiri berdasarkan gagasan Menteri Kelautan Perikanan untuk membentuk 10 Politeknik KP dan dukungan Pemerintahan Kabupaten Bone. Berdiri di atas tanah seluas 99.152 m2, yang merupakan daerah pertambakan di Jalan Sungai Musi KM.9, Kelurahan Waetuo-Kabupaten Bone, Sulawesi Selatan. Mulai dibangun pada tahun 2015 dengan anggaran APBN Kementerian Kelautan dan Perikanan, serta mulai beroperasi pada bulan September 2016.
Pendirian Politeknik KP Bone Berdasarkan pada, (1) Surat Rekomendasi Bupati Bone Nomor: 410/424/III/Dp tanggal, 12 Maret 2015; (2) Surat Rekomendasi dari Direktorat Jenderal Kelembagaan Ilmu Pengetahuan Teknologi dan Pendidkan Tinggi Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor: 5459/E2.2/KL/2015, tanggal 14 Juli 2015 tentang Pendirian Politeknik KP Bone; (3) Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi RI Nomor: 185/KPT/I/2016 Tanggal 11 Mei 2016, tentang Pembukaan Program Studi dalam rangka Pendirian Politeknik Kelautan dan Perikanan Bone; dan (4) Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan RI Nomor: 64/PERMEN-KP/2016 tanggal 27 Desember 2016, tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik KP Bone